Η Μονή απειλήθηκε από τον ίδιο κίνδυνο και κατά το έτος 1998. Το πρωί της 6ης Αυγούστου, εορτή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος, και ενώ στο Καθολικό ετελείτο η Θ. Λειτουργία το Μοναστήρι βρέθηκε αναπάντεχα στο κέντρο ενός πύρινου κλοιού. Επικράτησε και αυτή τη φορά πανικός, αφού κυριολεκτικά καιγόταν σχεδόν όλο το Πεντελικό βουνό! Όμως ο άγιος Τιμόθεος διαφύλαξε αβλαβή και σε τούτη τη δεινή περίσταση την «κατοικία» του. Για λόγους ασφαλείας, καθώς εδώ και τρεις – τέσσερις ημέρες υπήρχαν διάσπαρτες στο βουνό εστίες φωτιάς, η τιμία Κάρα του βρισκόταν στην αγία Τράπεζα του Καθολικού. Και όπως μας διαβεβαίωσε ο ιερεύς που λειτουργούσε, αλλά και όσοι παρίσταντο στο ι. Βήμα, από τη στιγμή που η φωτιά εισήλθε στο κτήμα της Μονής, εξήρχετο από τη χαριτόβρυτη Κάρα του Αγίου ασταμάτητη, εντονώτατη και ασυνήθιστη ευωδία η οποία πλημμύριζε τον χώρο. Αυτή η ουράνια ευωδία ήταν το «σημείο» ότι δεν θα άφηνε ο άγιος Τιμόθεος να καταστρέψει η φωτιά το Μοναστήρι. Πράγματι, η προστασία του το επισκίασε και διασώθηκε ανέλπιστα χωρίς κάποια ουσιαστική ανθρώπινη μεσολάβηση.