Η υγεία του Αγίου (σημ. Aragorn : του αγίου Νεκταρίου) ήταν πάντα εύθραυστη. Από τις αρχές του 1919 η πάθηση του προστάτη άρχισε να επιδεινώνεται. Μετά από παράκληση των μοναχών εισάγεται στις 20 Σεπτεμβρίου στο Αρεταίειο νοσοκομείο των Αθηνών, όπου νοσηλεύτηκε για πενήντα ημέρες. Την Κυριακή 8 Νοεμβρίου του 1920, προς το μεσονύκτιο παρέδωσε πλήρης ουρανίου γαλήνης την μακαρία ψυχή του εις χείρας Θεού ζώντος, τον οποίο αγάπησε εκ νεότητος και δι' όλου του βίου εδόξασεν, σε ηλικία 74 ετών. Το τίμιο λείψανο του Αγίου ευωδίαζε και ευώδες μύρον έκβλυζε από το πρόσωπό του. Αυθημερόν μεταφέρθηκε στην Αίγινα, στο Μοναστηράκι του κι εψάλη η εξόδιος ακολουθία και ετάφη εν συρροή κλήρου και λαού. Ο τάφος του ανοίχτηκε επανειλημμένα κατά τα επόμενα χρόνια και για είκοσι και πλέον έτη το σώμα του ήταν σώον και αδιάφθορον, εκχέον την άρρητον ευωδίαν της αγιότητος ως μυροθήκη του Αγίου Πνεύματος. Αλλ' ύστερον διελύθη, κρίμασιν οις οίδεν ο Θεός, ως διελύθησαν πολλά αδιάφθορα λείψανα αγίων. Στις 2 Σεπτεμβρίου του 1953 έγινε η ανακομιδή των χαριτόβρυτων λειψάνων του, υπό του Μητροπολίτη Ύδρας Προκοπίου, παρισταμένων και άλλων κληρικών, μοναχών και πλήθους λαού. Μια άρρητη ευωδία πλημμύρισε την περιοχή. Το 1961 έγινε η επίσημος αναγνώρισις του Αγίου από το Οικουμενικό Πατριαρχείο.