Ανασκαφή του εφόρου αρχαιοτήτων κ. Αδαμάντιου Σάμψων έδειξε ότι στην περιοχή υπήρξε κατοίκηση από τη μεσολιθική εποχή που χρονολογείται από την 9η χιλιετία, συγκεκριμένα από 8.500 - 6.700 π.Χ. Η χρονολόγηση των ευρημάτων (με την μέθοδο της στρωματογραφίας) έδειξε ότι υπήρξε μια συνεχή κατοίκηση 5.000 ετών, από το 9.000 έως το 4.000 π.Χ. Από την Μεσολιθική ήδη περίοδο στο Αιγαίο κατοικούν άνθρωποι, που ασχολούνται μάλιστα ιδιαίτερα με την θάλασσα. Είναι μία φάση, κατά την οποία ο άνθρωπος εκτός από κυνηγός είναι και ψαράς. Έχουν βρεθεί τεράστιοι όγκοι ψαριών (σημ. Aragorn : Εννοεί κόκαλα από ψάρια) μέσα στο σπήλαιο και περίπου 60 αγκίστρια, ευρήματα σπάνια. Ήδη, δηλαδή από την 9η χιλιετία, ο άνθρωπος είναι ένας επαγγελματίας ψαράς και βασίζει την διατροφή του κατά ένα μεγάλο μέρος στην θάλασσα. Ανάλογα τέτοια ευρήματα δεν υπάρχουν πουθενά μέχρι σήμερα στην Μεσόγειο. Στον χώρο γύρω από το σπήλαιο του Κύκλωπα έχουν βρεθεί ευρήματα από την Μέση Παλαιολιθική (100.000 με 40.000 π.Χ.), ενώ το σπήλαιο κατοικήθηκε από την Μεσολιθική και μετά.