Πρόκειται για τη σύγκρουση που προκλήθηκε, όταν στη δεκαετία του 630 ή του 620 π.Χ. ο ολυμπιονίκης Κύλων επιχείρησε να γίνει τύραννος των Αθηνών. Το πραξικόπημα απέτυχε και οι συνωμότες κατέφυγαν στην Ακρόπολη, την οποία πείσθηκαν να εγκαταλείψουν για να παραπεμφθούν σε δίκη αλλά τελικά δολοφονήθηκαν, γιατί θεωρήθηκε ότι η Αθηνά δεν είχε δεχθεί την ικεσία τους, μια και κατεβαίνοντας, το σχοινί που τους συνέδεε με το είδωλο της Αθηνάς έσπασε. Ευθύνες γι' αυτό καταλογίσθηκαν στο γένος των Αλκμαιωνιδών, οι οποίοι θεωρήθηκαν εναγείς (μιασμένοι) -μπορεί κάποιος να μιανθεί από νεκρό είτε λόγω της συγγενικής σχέσης μαζί του είτε λόγω της σωματικής επαφής με αυτόν- και καταδικάστηκαν σε εξορία. Τότε εκδηλώθηκε παρατεταμένη πολιτική και θρησκευτική κρίση και συγκρούσεις ανάμεσα στους επιζώντες οπαδούς του Κύλωνα και στους Αλκμαιωνίδες που δίχασε τον λαό, ενώ η πόλη ταλανίστηκε από φόβους, φαντάσματα και μιάσματα:

Τὸ δὲ Κυλώνειον ἄγος ἤδη μὲν ἐκ πολλοῦ διετάραττε τὴν πόλιν, ἐξ οὗ τοὺς συνωμότας τοῦ Κύλωνος ἱκετεύοντας τὴν θεὸν Μεγακλῆς ὁ ἄρχων ἐπὶ δίκῃ κατελθεῖν ἔπεισεν· ἐξάψαντας δὲ τοῦ ἕδους κρόκην κλωστὴν καὶ ταύτης ἐχομένους, ὡς ἐγένοντο περὶ τὰς σεμνὰς θεὰς καταβαίνοντες, αὐτομάτως τῆς κρόκης ῥαγείσης, ὥρμησε συλλαμβάνειν ὁ Μεγακλῆς καὶ οἱ συνάρχοντες, ὡς τῆς θεοῦ τὴν ἱκεσίαν ἀπολεγομένης· καὶ τοὺς μὲν ἔξω κατέλευσαν, οἱ δὲ τοῖς βωμοῖς προσφυγόντες ἀπεσφάγησαν· μόνοι δ' ἀφείθησαν οἱ τὰς γυναῖκας αὐτῶν ἱκετεύσαντες. Ἐκ τούτου δὲ κληθέντες ἐναγεῖς ἐμισοῦντο· καὶ τῶν Κυλωνείων οἱ περιγενόμενοι πάλιν ἦσαν ἰσχυροί, καὶ στασιάζοντες ἀεὶ διετέλουν πρὸς τοὺς ἀπὸ τοῦ Μεγακλέους. Ἐν δὲ τῷ τότε χρόνῳ τῆς στάσεως ἀκμὴν λαβούσης μάλιστα καὶ τοῦ δήμου διαστάντος […] φόβοι τινὲς ἐκ δεισιδαιμονίας ἅμα καὶ φάσματα κατεῖχε τὴν πόλιν, οἵ τε μάντεις ἄγη καὶ μιασμοὺς δεομένους καθαρμῶν προφαίνεσθαι διὰ τῶν ἱερῶν ἠγόρευον. Οὕτω δὴ μετάπεμπτος αὐτοῖς ἧκεν ἐκ Κρήτης Ἐπιμενίδης ὁ Φαίστιος, ὃν ἕβδομον ἐν τοῖς σοφοῖς καταριθμοῦσιν ἔνιοι τῶν οὐ προσιεμένων τὸν Περίανδρον. Ἐδόκει δέ τις εἶναι θεοφιλὴς καὶ σοφὸς περὶ τὰ θεῖα τὴν ἐνθουσιαστικὴν καὶ τελεστικὴν σοφίαν […]. (Πλούτ., Σόλ. 12.1-6)

Το άγος και η εξορία επεκτάθηκε και στις κατοπινές γενιές των Αλκμαιωνιδών, ενώ τα οστά των νεκρών τους τα ξέθαψαν και τα πέταξαν έξω από τα σύνορα της χώρας, με αποτέλεσμα οι υποστηρικτές των Αλμαιωνιδών να μην έχουν πια μνήματα που θα μπορούσαν να χρησιμεύσουν ως εστίες της αλληλεγγύης που απαιτείται για πράξεις βίας. Υποστηρίχτηκε μάλιστα ότι η απαγόρευση του ενταφιασμού εντός των τειχών, που ο Κικέρων μνημονεύει ως αρχαίο θέσμιο πρέπει να συσχετιστεί με τον καθαρμό των Αθηνών από το Κυλώνειο άγος.