Πως πέθανε ο Απολλώνιος; Κανείς δεν τον είδε να πεθαίνει. Αλλοι λένε ότι βρισκόταν στη Λίνδο της Ρόδου, στον ναό της Αθηνάς, και εξαφανίστηκε μέσα από αυτόν. Αλλοι πάλι αναφέρουν ότι πήγε στην Κρήτη, στο ιερό της Δικτύννης Αρτέμιδας. Όταν πλησίασε στον ναό, τα ιερά σκυλιά, φύλακες του ναού, όχι μόνο δεν τον γάβγισαν αλλά και τον υποδέχτηκαν χαρούμενα σαν να τον γνώριζαν. Οι ιερείς που τον συνέλαβαν, τον θεώρησαν ληστή και τον έβαλαν δεμένο στο δεσμωτήριο. Τα μεσάνυχτα λύθηκε από τα δεσμά του και φώναξε τους ιερείς του ναού. Όταν αυτοί ήρθαν, ο Απολλώνιος τους άνοιξε την πόρτα του δεσμωτηρίου και έτρεξε προς τον ναό, οι πύλες του οποίου άνοιξαν μόνες τους και μόνες τους έκλεισαν όταν μπήκε μέσα. Τότε οι ιερείς άκουσαν ψαλμούς από υπερκόσμιες μελωδίες και ψαλμωδίες των ιερών παρθένων του ναού που έλεγαν «Στείχε γας, στείχ' ες ουρανόν, Στείχε» {μετ. Φύγε από τη γη, φύγε στον ουρανό, Φύγε}. Και από τότε κανένας δεν είδε τον Απολλώνιο τον Τυανέα.