Η Σάμος, πατρίδα του Πυθαγόρα, γνώρισε στην αρχαιότητα μεγάλη ακμή. Σημαντικότατο τεχνολογικό επίτευγμα της περιόδου του 520 π.Χ. ήταν η σήραγγα που σκάφτηκε στην Σάμο με ταυτόχρονη διάνοιξη και από τα δύο άκρα, «αμφίστομη» όπως την αποκαλεί ο Ηρόδοτος. Έγινε με εντολή του τυράννου της Σάμου Πολυκράτη. Η σήραγγα χρησιμοποιείται για την μεταφορά πόσιμου νερού από την πλούσια πηγή των Αγιάδων, μέσα από τα σπλάχνα του βουνού της Στυλιανής, στην πρωτεύουσα του νησιού. Το νερό περνούσε μέσα από πήλινες σωλήνες σχήματος «U» τοποθετημένες στο κάτω μέρος της σήραγγας μέσα σε ειδικά σκαμμένο όρυγμα. Το υλικό των σωλήνων λέγεται ότι είχε την ιδιότητα να κατακρατεί τα άλατα του νερού. Το όρυγμα βρίσκεται 55 μέτρα πάνω απ' το επίπεδο της θάλασσας και 180 μέτρα κάτω απ' την κορυφή του βουνού. Σχεδιάστηκε από τον γιο του Ναυστρόφου Ευπαλίνο από τα Μέγαρα, κορυφαίο υδραυλικό μηχανικό της εποχής του. Το μήκος της σήραγγας είναι 1036 μέτρα και η μέση διάμετρός της 2.5 μέτρα. Η υψομετρική διαφορά της αρχής από το τέλος του ορύγματος είναι μόλις 4 εκατοστά. Το πιο εντυπωσιακό όμως είναι η ταυτόχρονη διάνοιξη και από τα δύο άκρα. Κάτι τέτοιο θεωρείται αρκετά δύσκολο να επιτευχθεί ακόμα και από τους σημερινούς τεχνικούς με τα τόσο εξελιγμένα τεχνικά μέσα. Για την ολοκλήρωση της διάνοιξης της σήραγγας χρειάστηκαν 8 χρόνια. Η απόκλιση στο σημείο που συναντήθηκαν οι δύο ομάδες εργασίας ήταν εντυπωσιακά μικρή (40 εκατοστά κατά ύψος και 70 κατά πλάτος) και μάλιστα με ευθύγραμμα τμήματα επί της αυτής ευθείας και όχι υπό γωνία που η συνάντηση θα ήταν εξασφαλισμένη εφ' όσον απλά θα διατηρούσε το οριζόντιο επίπεδο! Στο σημείο ένωσης στην μέση του τούνελ υπάρχει σιφόνι 30 εκατ. διαμέτρου εντελώς λείο, η μέθοδος λείανσης παραμένει ανεξακρίβωτη. Η κλίση σε όλη την διαδρομή της σωλήνωσης παραμένει σταθερή σχεδόν 0.5%. ενώ η βατή από ανθρώπους (για καθαρισμό και συντήρηση) σήραγγα παραμένει εντελώς οριζόντια. Υπήρχαν και αρκετά πηγάδια περίπου 30) από τα οποία ήταν δυνατή η πρόσβαση στο όρυγμα. Ιδιαίτερο εντυπωσιακό παραμένει το γεγονός ότι κατά την διάνοιξη ένας σεισμός μετέβαλε την στάθμη της πηγής τροφοδοσίας με νερό αλλά παρ' όλα αυτά επέλεξαν την εκβάθυνση του ορύγματος σχεδόν 4 μέτρα για να εξασφαλίσουν την ροή του νερού. Το Γερμανικό αρχαιολογικό ινστιτούτο με καθηγητή τον Hermann Kienast μελέτησε το Ευπαλίνιο όρυγμα και βρήκε αρκετά εντυπωσιακά στοιχεία άγνωστα μέχρι σήμερα. Οι εργάτες έσκαβαν εκατέρωθεν του βουνού αλλά όχι σε ευθεία γραμμή! Η σήραγγα ακολουθεί τεθλασμένη πορεία και για να αποφύγει εύθραυστο πέτρωμα αποκλίνει 200 μέτρα απ' την ευθεία! Παρ' όλα αυτά ξαναβρίσκει την πορεία της και ενώνεται με το υπόλοιπο τμήμα. Πόσοι δούλευαν στην σήραγγα; Μόνο από 4 μέχρι 15 εργάτες! Μάλιστα λέγεται ότι χρησιμοποιήθηκαν κυρίως αιχμάλωτοι απ' την Λέσβο. Συνολικό μήκος αγωγού 2.436 μέτρα, μήκος σήραγγας 1.036 μέτρα. Όταν αργότερα η Σάμος συγκρούσθηκε πολεμικά με την αρκετά ισχυρότερη Αθήνα, ηγέτιδα τότε της Αθηναϊκής ηγεμονίας (439 π.Χ.), πέρασε τελικά σε παρακμή. Η πολιορκία κράτησε 9 μήνες και οι Αθηναίοι δεν μπόρεσαν να βρουν το Ευπαλίνιο όρυγμα και να αποκόψουν την τροφοδοσία της πόλης με νερό. Η πηγή τροφοδοτούσε με νερό για 1000 χρόνια την πόλη της Σάμου παρέχοντας μέχρι 400 κυβικά μέτρα το 24ωρο. Το ιδιαίτερα ενδιαφέρον είναι ότι αν και το νερό μπορούσε να μεταφερθεί περιφερειακά του βουνού, προτιμήθηκε η λύση του ορύγματος ίσως για λόγους ασφάλειας σε περίπτωση πολιορκίας. Λειτούργησε μέχρι τον 5ο μ.Χ. αιώνα και από τον 5ο μέχρι τον 7ο αιώνα λειτούργησε σαν χριστιανικό νεκροταφείο. Αργότερα καταστράφηκαν οι είσοδοι από επιχωματώσεις. Αρκετοί σύγχρονοι ερευνητές ασχολήθηκαν με το Ευπαλίνιο όρυγμα. Το 1841 ο Ρος προσπάθησε μάταια να το ανακαλύψει, το 1856 ο Γκερέν βρήκε την μισή υπόγεια διαδρομή της πηγής. Το 1882 δύο μοναχοί ο Κύριλλος και ο Θεοφάνης βρίσκουν το βόρειο και νότιο άνοιγμα αντίστοιχα. Το 1884 ο Γερμανός Fabricius διαπίστωσε πρώτος το ευθύγραμμο της κατασκευής. Το 1971 ξεκινάει από τον H.Kienast (του γερμανικού αρχαιολογικού ινστιτούτου) εικοσαετής διαδικασία αναδιάνοιξης, καθαρισμού και μελέτης-ανάλυσης του έργου. Ο νομπελίστας Αρθουρ Κέστλερ έγραψε σχετικό βιβλίο 1000 σελίδων.