Η Παναγία της Φολέγανδρου είναι γνωστή για κάποια θαύματα που απέτρεψαν πειρατικές απειλές κατά το παρελθόν. Την 1η Μαΐου 1790, 18 πλοία Αλγερινών πειρατών έκαναν την εμφάνισή τους στα βορειοανατολικά. Φοβισμένοι οι Φολεγανδρινοί κατέφυγαν στην εκκλησία της Παναγίας, μετέφεραν την εικόνα στην κορυφή του λόφου και ικέτεψαν για τη σωτηρία τους. Αμέσως φύσηξε δυνατός βοριάς και όλα τα πειρατικά βυθίστηκαν. Κανείς από τους πειρατές δεν γλίτωσε εκτός από έναν αιχμάλωτο Κιμωλιώτη, ο οποίος έφτασε στο νησί κολυμπώντας και είπε ότι μία αστραπή που ερχόταν από το βουνό προκάλεσε τη θύελλα. Με παρόμοιο τρόπο βυθίστηκε τη 1η Μαρτίου του 1794 το πλοίο του ληστοπειρατή Ζαχαριά, Ωστόσο οι 40 πειρατές σώθηκαν κολυμπώντας και αποβιβάστηκαν στο νησί. Όμως οι κάτοικοι είχαν προλάβει ήδη να οχυρωθούν και έτσι απέκρουσαν την επίθεση κάνοντας τους πειρατές να φύγουν από το νησί με ένα ντόπιο πλεούμενο. (Αλκιβιάδης Χαρίλαος, Η νήσος Φολέγανδρος, 1888 (έκδοση 2000). Και τις δύο αυτές σημαδιακές μέρες πραγματοποιούνται στη Φολέγανδρο θρησκευτικές εκδηλώσεις.