Το θαύμα του Αγίου Μηνά το Πάσχα του 1826 σφράγισε τη σχέση Αγίου με το τουρκοκρατούμενο Ηράκλειο. Ο πολιούχος του Μεγάλου Κάστρου είναι πλέον στην παράδοση του τόπου ο υπερφυσικός προστάτης, που επεμβαίνει θαυματουργικά και σώζει την πόλη και τον λαό της σε κρίσιμες ώρες. Η κύρια πηγή για το θρυλούμενο θαύμα είναι η αφήγηση του Στέφανου Νικολαϊδη (1817-1907). Ο Στέφανος Νικολαϊδης ήταν παιδί δέκα περίπου ετών και διατήρησε στη μνήμη του ζωηρή την εντύπωση της καθολικής πίστης για τη θαυματουργική σωτηρία της πόλης από την απειλή γενικής σφαγής, κατά τη νύχτα της Κυριακής του Πάσχα 1826. Την πίστη του αυτή εξέφρασε αργότερα με τη σύνθεση ιδιαίτερης ακολουθίας, που ψάλλεται ακόμα «εις ανάμνησιν» του θαύματος εκείνου, την Τρίτη της Διακαινησίμου στον παλαιό (μικρό) ναό του Αγίου Μηνά. Επίσης χαρακτηριστικό είναι το απολυτίκιον του θαύματος που ψάλλεται εκείνην την ημέρα προς ανάμνηση του γεγονότος. Την ημέρα εκείνη τελείται και το ιερό μνημόσυνο των θυμάτων της μεγάλης σφαγής του 1821. Ας δούμε τώρα πως συνέβη το καταπληκτικό αυτό θαύμα: «Οι Τούρκοι τότε, επειδή ακούγανε τις επιτυχίες των επαναστατημένων Ελλήνων από παντού, ξεσπούσανε εκεί εναντίον των Ελλήνων και προβαίνανε σε σφαγές και λεηλασίες. Η ζωή των Ραγιάδων κρεμότανε στο καπρίτσιο ή στα κακούργα ένστικτα του κάθε Τούρκου. Την ημέρα του Πάσχα στις 18 Απριλίου 1826 νομίσανε, πως ήταν η καταλληλότερη ευκαιρία να τους χτυπήσουν. Θα τους εύρισκαν όλους μαζεμένους να παρακολουθούν την Ακολουθία της Αναστάσεως μέσα στο Μητροπολιτικό Ναό του Αγίου Μηνά. Ο Ναός του Αγίου Μηνά ήτανε τότε μικρότερος από τον σημερινό. Είχε κτιστεί κατά τον 18ο αιώνα. Σώζεται μάλιστα μέχρι σήμερα( μικρός ΄Αγιος Μηνάς ). Σ' αυτόν τον Ναό επιχείρησαν και άλλοτε σφαγή οι Τούρκοι : στις 24 Ιουνίου του 1821. Τότε έσφαξαν έξι επισκόπους και πολλούς άλλους κληρικούς και λαϊκούς. Και τώρα επιχείρησαν να σφάξουν όλους μαζεμένους τους Χριστιανούς. Ουδείς θα τους ξέφευγε, διότι τα φανατισμένα στίφη των Τούρκων, με σπαθιά και μαχαίρια και με κάθε είδους φονικών όπλων, είχαν περικυκλώσει το Ναό. Άλλες γραμμές είχαν σχηματισθεί σε όλες τις παρόδους και τις κατευθύνσεις. Για να παραπλανήσουν δήθεν τη προσοχή της ντόπιας διοίκησης, βάλανε φωτιές σε διάφορες απομακρυσμένες συνοικίες της πόλης. Το σχέδιο είχε καταστρωθεί και στη παραμικρή του λεπτομέρεια. Την ώρα που διάβαζε το ιερό Ευαγγέλιο ο Μητροπολίτης Καλλίνικος, ξαφνικά ακούστηκε η κλαγγή των όπλων. Τα μανιασμένα στίφη των βαζιβιζούκων πλησίασαν τις πόρτες. Ήταν έτοιμα ν΄αρχίσουν τη σφαγή των Χριστιανών, που ήσαν ανύποπτοι και απροετοίμαστοι. Κρίσιμη ώρα ! Μα ξαφνικά βλέπουν ένα αστραφτερό φως, γιομάτο από αίγλη, που πλημμύρισε την Εκκλησία, από την μια άκρη ως την άλλη. Ένας δε ασπρομάλλης γέρος αξιωματικός με σεβάσμια μορφή φάνηκε καβάλα στο άσπρο περήφανο άτι του, κραδαίνοντας το ξεγυμνωμένο σπαθί του. 'Ηταν αγριεμένος και έμοιαζε καταπληκτικά με τον αρχηγό των εκεί Τούρκων, τον Αγιάν Αγά. Το άλογό του είχε χρυσοποίκιλτα χάμουρα και σέλλα στολισμένη με πολύτιμα πετράδια. Ήταν αγριεμένος και η ματιά του, όταν έπεφτε στους Χριστιανούς, ήταν γλυκιά και θεϊκή, όταν όμως ερρίχνετο στους βαρβάρους, που είχανε ζωσμένη την Εκκλησία, άλλαζε και πετούσε αστραπές, που προμηνούσαν όλεθρο σ’ αυτούς οι οποίοι δε σεβάστηκαν την άγια μέρα και τον ι ε ρ ό Ν α ό ν του. Οι Τούρκοι τότε, που ήταν έτοιμοι να εξαπολύσουν την αλύπητη σφαγή, κατατρομαγμένοι και πανικόβλητοι το έβαλαν στα πόδια και διελύθηκαν. Πήγανε τότε και διαμαρτυρήθηκαν στο Διοικητή τους, διότι τους έστειλε το Αγιάν αγάν και τους διέλυσε, ώστε να μη φέρουν σε πέρας το έργο τους. Αλλά ο διοικητής τους είπε, ότι δεν γνώριζε τίποτε και ότι δεν έστειλε κανένα. Ο δε Αγιάν Αγάς κοιμόταν εκείνο το βράδυ μακαρίως ήσυχος στο σπίτι του. Τότε κατάλαβαν οι Τούρκοι, ότι ήταν ο Άγιος Μηνάς, που φάνηκε να σώσει τους Χριστιανούς. Και πράγματι τους έσωσε. Δεν έπαθε κανείς τίποτε, εκτός από μια γυναίκα, η οποία επάνω στη σύγχυση έπεσε και πέθανε. 'Ολο μάλιστα το Εκκλησίασμα φοβήθηκε και έφυγε. 'Έμεινε μόνος του ο Μητροπολίτης Καλλίνικος και συνέχισε την Θεία Λειτουργία. Ο Μητροπολίτης για να επισημοποιήσει περισσότερο το θαύμα και να εξευτελίσει τους Τούρκους, επισκέφθηκε την άλλη μέρα τον Τούρκο Διοικητή, για να τον ευχαριστήσει δήθεν, διότι έστειλε τον αξιωματικό Αγιάν Αγά και τους έσωσε από τον συρφετόν εκείνο. 'Ο Διοικητής όμως του είπε, ότι δεν έστειλε κανένα Αγάν Αγιάν.» Και έτσι οι ίδιοι οι Τούρκοι διέσωσαν το θαύμα. Μερικοί δε μάλιστα από δαύτους κάθε χρόνο, από ευλάβεια και σεβασμό στον Άγιον, πήγαιναν διάφορα δώρα στην Εκκλησία του Αγίου Μηνά. Έπειτα από αυτή τη θαυμαστή διάσωσή τους, όλοι οι Επίσκοποι της Κρήτης ομόφωνα, αποφάσισαν να γιορτάζεται το θαύμα αυτό μεγαλοπρεπώς κάθε χρόνο την Τρίτη της Διακαινησίμου. Τότε εκτίθεται σε λαϊκό προσκύνημα και ένα κομμάτι από τα ιερά λείψανα του Αγίου Μηνά που φυλλάσεται εκεί από το 1700 μ. Χ. Την ημέρα αυτή ο Ναός μοιράζει στους πολυπληθείς προσκυνητές από ένα κόκκινο αυγό και ένα κερί. Τώρα μοιράζουν μόνο το κερί. Το ανάβουν οι πιστοί την ώρα, που λέγεται το μεγαλυνάριον του Αγίου και όταν διαβάζεται το Ευαγγέλιο, προς ένδειξη ευγνωμοσύνης, διότι την ώρα αυτή τους έσωσε ο Άγιος.